index.php 基本的実装（HTML）

<div id="cont1"> // このブロックのクラスをJavascriptで変更することで
<ul class="menu">
<li class="m1">
<a href="javascript:toggleBlock('cont1', 'show1');">
メニュー1
</a>
</li>

<li class="m2">
<a href="javascript:toggleBlock('cont1', 'show2');">
メニュー2
</a>
</li>

<li class="m3">
<a href="javascript:toggleBlock('cont1', 'show3');">
メニュー3
</a>
</li>
</ul>

	<div id="c1"> // ここと
	コンテンツその1（デフォ表示）
	</div>
	
	<div id="c2"> // ここと
	コンテンツその2
	</div>
	
	<div id="c3"> // ここの表示を切り替える
	コンテンツその3
	</div>
</div>

toggle.css 基本的実装（CSS）

/* デフォルトで表示のコンテンツ */
#cont1 #c1 {
	display: block;
}

/* デフォルトで非表示のコンテンツ */
#cont1 #c2, #cont1 #c3 {
	display: none;
}

/* 親のクラス名変更によって表示される */
#cont1.show2 #c2, #cont1.show3 #c3 {
	display: block;
}

/* 親のクラス名変更によって非表示される */
#cont1.show2 #c1, #cont1.show3 #c1 {
	display: none;
}

滅茶苦茶簡単な実装ですが、これはなかなか思いつかないのではないでしょうか。
さすがはてなと感じましたが、さらに使い勝手をよくしたいと思います。

まずはJavascript=off も考慮して、リンクアンカーを変更。
これ最重要点。
自身を呼び出すアンカーを設定、show変数にそれぞれshow1、show2、show3の引数を割り当てておきます。

<ul class="menu">
<li class="m1">
<a href="index.php?show=show1"
 onclick="toggleBlock('cont1', 'show1');return false;">
メニュー1
</a>
</li>

<li class="m2">
<a href="index.php?show=show2"
 onclick="toggleBlock('cont1', 'show2');return false;">
メニュー2
</a>
</li>

<li class="m3">
<a href="index.php?show=show3"
 onclick="toggleBlock('cont1', 'show3');return false;">
メニュー3
</a>
</li>
</ul>

自身が呼び出された際に$_GET['show']の中身によってクラスを切り替えます。

$newclass = '';

if(isset($_GET['show'])){
    switch($_GET['show']) {
        case 'show1':
        $newclass = ' class="show1"';
        break;

        case 'show2':
        $newclass = ' class="show2"';
        break;

        case 'show3':
        $newclass = ' class="show3"';
        break;
    }
}

$newclassを#cont1ブロックに割り当てます。

<div id="cont1"<?php echo $newclass ?>>

Javascript=onの時はもちろんJavascriptでスマートに切り替えられ、 Javascript=offの時は、ページの再読み込みが伴いますが、PHPによってCSSのクラスが切り替わり、 Javascript=onの時とほぼ同様に表示されます。

ほぼCSSによる実装なので、画像を伴ったメニューなどでも簡単にカスタマイズできる点がお勧めです。
Javascriptで画像切り替えをやろうとするとInnerHTMLを使う必要が生じてきてかなり面倒くさいことになりますから、私のようにJavascriptに詳しくない人だと卒倒ものです。

DIVコンテンツの表示トグルをPHPでカバーするサンプル