yashikiba様、こんにちは。
ありゃ、Nucleusに変えたんですか。

> config.inc.phpで登録したカウンタの関数の使用をやめる場合、
> どのようにしたら良いのでしょうか?
これって、単にindex.tplに埋め込むのをやめるだけではダメなのでしょうか？
もしかして私、何か勘違いしてます？

私はこんな感じでリロード制御しています。
IPアドレス記録式なので、それほど正確ではありません。
正確にやるのでしたら、cookie（例えばアクセス日を記録して、日付けが変わるまでは同一cookieはカウントしない）を使った方がいいです。

＜?php
$serendipity['smarty']->;register_function('nm_count', 'nm_count');

function nm_count() {
// データファイル名（フルパス）
$filename = "/home/msk/public_html/blog/templates/nm/count.dat";
// 表示形式（true or 1でグラフィック、false or 0でテキスト表示）
$graphic = 0;
// イメージファイルの場所（フルパス）
$cntimg = "/home/msk/public_html/blog/templates/nm/cntimg/";
// グラフィックタイプ（png, gif, jpg）
$g_type = "png";
// 表示桁数
$fig = 5;
// リロード制御（true or 1で制御ON、false or 0で制御OFF）
$reload_check = true;
// リロードインターバル（分）
$wait_time = 30;
// サイト内移動時のカウント増加制御
$nocount = 'blog.till-daylight.org';
// ------------------------------

$file = fopen($filename,"r+");
flock($file, LOCK_EX);
set_file_buffer($file, 0);

$nowdata = fgets($file);
list($count, $last_ip, $load_time) = explode(",", $nowdata);

// リロードチェックONなら最新アクセスIPと最新ロード時刻をチェック
if($reload_check == true) {
$now = time();
if(eregi($nocount, $_SERVER['HTTP_REFERER']) or
$last_ip == $_SERVER['REMOTE_ADDR'] and
($now - $load_time) ＜ $wait_time * 60) {
$newcount = $count;
} else {
$newcount = $count+1;
}

// リロードチェックOFFなら無条件でカウントアップ
} else {
$newcount = $count+1;
}

ftruncate($file, 0);
rewind($file);
$newdata = $newcount .",". htmlspecialchars($_SERVER['REMOTE_ADDR'],ENT_QUOTES) .",". time();
fwrite($file, $newdata);

flock($file, LOCK_UN);
fclose($file);


// -----------------------------
// カウンタ表示
// -----------------------------

// グラフィックモード
if($graphic == true and $g_type == ("png" or "gif" or "jpg")) {
$str = sprintf("%0{$fig}d", $newcount);
for($i=0; $i＜$fig; $i++) {
$alt = substr($str, $i, 1);
print("＜img src=\"{$cntimg}" . $alt . ".{$g_type}\" alt=\"{$alt}\" width=\"9\" height=\"9\" /＞");
}
// テキストモード
} else {
printf("%0{$fig}d", $newcount);
}
}
?＞

2008-07-26追記
実態参照がえらいわかりづらいので「＜」「＞」は全角に変えました。