本サーバとは環境が違うので、この先何かあるかもしれませんが、 ローカルサーバ（FreeBSD, Apache2, MySQL5）ではノープロブレム。
以下、あくまでもうちの環境の場合ですが、

Serendipityは /usr/local/lib/php/s9y/ にインストールしました。

1.該当ユーザーディレクトリに移動

# cd /home/ユーザーディレクトリ/public_html

2.Blogコアファイルをコピー

# cp -R /usr/local/lib/php/s9y/deployment/* ./

3.Blogテンプレートファイルをコピー
コピーなのはテンプレート自作に対応できるようにしたいから
そうでなければリンクで。

# cp -R /usr/local/lib/php/s9y/templates ./templates

4.HTMLAREAファイルをコピー

# cp -R /usr/local/lib/php/s9y/htmlarea ./htmlarea

* または *
4.HTMLAREAファイルをリンク（この場合、httpd.confにて Options FollowSymLinks を許可） （都合により改行しています）

# ln -s /usr/local/lib/php/s9y/htmlarea

     /home/ユーザーディレクトリ/public_html/htmlarea

公式では ln -s -d となっていますが、FreeBSDの ln に -dオプション（ディレクトリをハードリンク）はありませんので、いつものように -sオプションでシンボリックリンクにします。
あとはhttpd.confでFollowSymLinks を許可します（こいつに関してはBlogを有効化したユーザーディレクトリにだけ適用した方がよさげですね）。

5.パーミッション再設定

# chown -R ユーザー名:ユーザー名 ../public_html

# chmod 757 ./uploads ./templates_c

# chmod 777 ../public_html（serendipity初期設定時だけ）

以下、本サーバではまだドメイン登録していないので、ローカルサーバ検証の設定は
＜VirtualHost＞ではなくて＜Directory "/home/ユーザー名/public_html"＞で行っています。

6.httpd.conf にPHPのインクルード設定を追記（の予定） （都合により改行しています）

＜VirtualHost 123.456.789.000:80＞

php_value include_path 

    ".:/usr/local/lib/php:/usr/local/lib/php/s9y/:

       /usr/local/lib/php/s9y/bundled-libs/"

php_admin_value open_basedir 

    "/usr/local/lib/php/:/usr/local/lib/php/s9y/:

      /home/ユーザーディレクトリ/public_html/"

＜/VirtualHost＞

ということで、今のところさらっとしかいじっていませんが、
あにゃログ - Serendipityの共有インストールの

公式サイトに共有インストールの方法は書いてあったが、なぜか手順通りに作業しても「INCLUDE ERROR」というのが出て動作しない。

件も
Serendipity Weblog共有インストール問題解決か

結局彼は何も見ていなかっただけ．
とくとくと指摘してやっとcommitされた模様

の件もノープロブレムっぽいです。
elfさんの突っ込み活動に深く感謝申し上げます<(_ _)>