> サイドバー以外のセンター位置は（エントリー）の表示のみ
あれ？そんなことないと思いますけど。
実際私もLast.fm入れていますし、先日まではウォッチしているRSSの表示も入れていました。

> センターに記事以外の（例えば、フォトダイアリーみたいなページ）を作成することは可能なのでしょうか？
やればなんでもできます。
PHPを挿入するPluginもありますし。
基本的にはPluginの設定でどうにかして、レイアウト的に辛いときはテンプレートを改造する方向でいいと思います。

> ポータル画面のセンターには（デフォルトでは記事が表示されている部分）ウェルカムボードを作成し、その下部の部分には最新記事のタイトルだけ一覧で表示
よくわかりませんが(^^ゞ そのウェルカムボードをHTMLナゲットで挿入して、
その下に「最近のエントリ」を配置すればいいような気がします。

> PHPを挿入できるプラグインを探してみます。
って、探す必要は無いのですが(^^ゞ
スパルタカス（今、スペルわからないです）入れてます？

> pluginを改造しようと思い、admin.PHPから変数を追っかけて
そのような必要はあまりありません。
Plugin依存の.tplはPluginのディレクトリに存在しています。
まあ、中にはハードコーディングされているPluginもありますから、
その際はPluginそのものを改造しますけど。

> インストールしたpluginがどこのディレクトリに格納されるか
Plugin ディレクトリ以下、そのPluginの名前のディレクトリです。
っつーか、もろにわかりますが(^^ゞ

> スパルタカスはインストールしています。スパルタカスをインストールすれば、プラグインの使用できるコンテンツが増えるだけと思ってました。
そうですよ。
で、全てのPluginがここで導入できますので、他に探す必要は無いといことです。
っつか、index.tplとCSSのブロック構造をまるっきり変えちゃってます。で、index.tplにて、メインコンテンツ領域の中に
{if $rightSidebarElements > 0}
{serendipity_printSidebar side="right"}
{/if}
こいつを突っ込んでます。

> 「HTMLナゲット」のプラグインがどれにあたるのかが、わかりませんでした。
Plugin管理のページで該当Pluginにマウスを当てるとウェブブラウザのステータスバーにURIが出るので、それでPluginの正式名がわかります。その名前のディレクトリです。

> サイドバーの中に配置されているプラグインは、個別に移動することができませんでした。
Plugin管理ページで上下左右に移動できますが、私、おっしゃっていることを勘違いしてます？

> 「最新BGM」の配置はrightsidebarに配置し、それをエントリーの下で表示させているのでしょうか？
そうです。

> プラグインのtplを改造することにより、記事の上部にもってくることはできますでしょうか？
> ただし前提条件として、「最近の記事」をクリックすると、エントリーの上部は記事のみの表示
いえ、index.tplです。
条件についてはたぶんダメじゃないかと思います。

> プラグインの配置位置をこちらで任意に決めてみたいのです。
Plugin管理ページでの場所指定以外なら、index.tplをいじればいいと思います。

> PS/私が作った、serendipityのページをご覧になってみてください。
Firefoxで崩れまくってますよ(^^ゞ

>「Profile」タブをクリックすると、エントリが無くなって、「profile」が表示されております。URLを確認してみると、独自のHTMLを作成してみたいですが
静的ページPluginで書いているだけですよ。

>プロフィール画面をページのTOPに持ってきて
私のblogでいうところの「ドメインの変更を行いました。」エントリになります。
これも静的ページPluginで書いているだけです。
で、「このページを Serendipity のフロントページに作成する」としているだけです。

あまり難しく考えない方がいいんじゃあないでしょうか。
pluginで大抵の事はできるはずです。

> 「最新画像」という名前でuploadsファイルに格納しているサムネイルを表示させていたのですが、新たにブログを作った際にその時のプラグインの名前を忘れてしまいました。
あ、そんなPluginあったんですか。
知らなかったです
自分が使ったことが無いものはわかりませんのでご容赦を。